Schon seit gut 700 Jahren gibt es in Uttendorf eine Kirche. Der Ort „Outendorf“ taucht schriftlich zum ersten Mal um 1160 in einer Urkunde für das Augustinerchorherrenstift Berchtesgaden auf, dem damals hier Güter übergeben wurden. Kirchlich gehörte Uttendorf ursprünglich zu Stuhlfelden, der Mutterpfarre des Oberpinzgaues. Diese Pfarre war so ausgedehnt, dass an den größeren Siedlungsorten bald eigene Kirchen errichtet wurden – so auch in Uttendorf. Als das dem hl. Rupert geweihte Gotteshaus anlässlich einer Messstiftung im Jahr 1320 erstmals urkundlich genannt wird, muss die Kirche freilich schon einige Zeit bestanden haben.
Seit 1614 wohnt zwar ein Priester im Ort, aber erst 1665 wird Uttendorf durch den Salzburger Fürsterzbischof Guidobald Graf Thun formell zum Vikariat erhoben und erhält somit einen eigenen Seelsorger. 1726 kam es zur Gründung einer Dreifaltigkeitsbruderschaft.
Im Jahr 1858 wurde Uttendorf dann zu einer selbständigen Pfarre erhoben.
Seit 1. September 2009 bildet unsere Pfarre Uttendorf gemeinsam mit der Pfarre Niedernsill, der Pfarre Piesendorf und der Pfarre Kaprun einen Pfarrverband.
