Die lange Tradition der Salzburger Kirchenmusik, die bis in die Zeit von Kardinal Matthäus Lang (1519-1540) zurückreicht, manifestiert sich in der großen Sammlung musikalischer Handschriften und Drucke ( Stimmenabschriften und Chorbücher). Unter den Musikalienbeständen der Salzburger Hofkapelle (17. Jh. bis 1841), des Dommusikvereins und des Mozarteums (ab 1841) sowie den Überlieferungen aus verschiedenen Pfarren finden sich bemerkenswerte Werke namhafter Komponisten und Musiker, u. a. Paul Hofhaymer, Georg Muffat, H. I. F. Biber, Leopold Mozart und Michael Haydn. Dazu kamen im Lauf der Zeit Nachlässe aus Familien- und Privatbesitz an das Archiv. Das musikalische Erbe der Söhne Mozarts, das zu einem Teil im Diözesanarchiv hinterlegt wurde, zählt dabei zu einem der bedeutendsten.
Die Bestände gliedern sich in folgende Gruppen:
Die Bestände sind durch alte buchförmige Kataloge (Catalogus Musicalis in Ecclesia Metropolitana, Repertorium über die musikalische Bibliothek des Dommusikvereines und Mozarteums zu Salzburg) und neue Zettelkataloge großteils erschlossen.
Der älteste Bestand - Handschriften und Drucke in Chorbuchnotierung sowie Liturgika - ist durch einen gedruckten Katalog aufgeschlossen:
Katalog des liturgischen Buch- und Musikalienbestandes am Dom zu Salzburg.
Teil 1: Die gedruckten und handschriftlichen liturgischen Bücher, bearb. von Franz Wasner unter Mitarbeit von Stefan Engels und Ernst Hintermaier. - Teil 2: Die Musikhandschriften und Musikdrucke in Chorbuch-Notierung, bearb. von Ernst Hintermaier (= Veröffentlichungen zur Salzburger Musikgeschichte 3, zugleich Bd. 1 der Schriftenreihe des Konsistorialarchivs) (Salzburg 1992).